सीएसआईआर-4पीआई के पास विविध क्षेत्रों में पीएचडी उपाधि की ओर अग्रसर एक सक्रिय अनुसंधान कार्यक्रम है। यह एक उत्साहवर्धक वातावरण प्रदान करता है, जो रचनात्मकता को बढ़ावा देता है तथा नवाचारी चिंतन एवं अनुसंधान को प्रोत्साहित करता है। पीएचडी कार्यक्रम में लचीला पाठ्यक्रम कार्य, कम्प्यूटेशनल प्रशिक्षण ट्यूटोरियल, तथा उच्च स्तरीय वैज्ञानिक क्षमता प्रदर्शित करने हेतु एक शोध प्रस्ताव शामिल है, जिसके पश्चात एक विशिष्ट विषय पर पीएचडी थीसिस की ओर अग्रसर उन्नत शोध किया जाता है। पीएचडी कार्यक्रम सामान्यतः 4-5 वर्षों में पूर्ण होता है। प्रथम वर्ष के दौरान, छात्रों को बुनियादी एवं उन्नत विषयों को समाहित करने वाला पाठ्यक्रम कार्य पूर्ण करना होता है। छात्रों को अंतरविषयक क्षेत्रों में पाठ्यक्रम लेने हेतु प्रोत्साहित किया जाता है। पीएचडी कार्यक्रम के भाग के रूप में, पीएचडी छात्र से कम से कम दो संगोष्ठियां प्रस्तुत करने की अपेक्षा की जाती है।
विज्ञान एवं नवाचारी अनुसंधान अकादमी (AcSIR) की स्थापना विज्ञान एवं इंजीनियरिंग के क्षेत्र में योग्य शोधकर्ताओं एवं पेशेवरों की संख्या को अधिकतम करने के उद्देश्य से की गई है, जो नवाचार एवं अंतरविषयक एकीकरण के कौशल से सुसज्जित होंगे। AcSIR को राष्ट्रीय महत्व के एक विश्वस्तरीय संस्थान के रूप में विकसित करने की परिकल्पना की गई है। AcSIR विज्ञान एवं प्रौद्योगिकी के अग्रणी क्षेत्रों में पाठ्यक्रम अनुदेश प्रदान करेगा तथा उपाधियां प्रदान करेगा। यह अकादमी शिक्षण एवं अनुसंधान हेतु सीएसआईआर की अवसंरचना सुविधाओं, वैज्ञानिक जनशक्ति एवं अन्य संसाधनों का उपयोग करेगी। सीएसआईआर की अत्याधुनिक अवसंरचना एवं अद्वितीय मानव संसाधन का लाभ उठाते हुए, AcSIR शिक्षा एवं सामाजिक अनुप्रयोगों के मध्य विद्यमान अंतर को पाटने की दिशा में कार्य करेगा।